La historia de los Venados del Mérida FC comienza con la llegada a Mérida de la franquicia del Nacional Tijuana, el club fronterizo decide viajar de punta a punta del país y establecerse en la capital más importante del sureste mexicano, la ciudad de Mérida, que tras la partida del Atlético Yucatán se había quedado sin fútbol profesional, ya que el FC Itzaes de la Tercera División se había mudado a la ciudad yucateca de Motul.

Con la llegada del nuevo equipo se busco crear una nueva identidad y dar por cerrado el capitulo de los clásicos equipos yucatecos que representaban a todo el estado, por lo cual se decidió que el equipo representaría a la ciudad de Mérida. También se busco involucrar a la gente con el nuevo equipo y se les invito a bautizarlo con algún mote, la gente quiso colaborar y empezó a sugerir motes como faisanes, aluxes, mayas, pero ninguno agrado tanto a la gente como el ya popular venados. Y así nacieron los Venados del Mérida FC.

En su primer torneo y con jugadores prácticamente desconocidos en la entidad y en el medio lograron llegar hasta la fase de Reclasificación donde perdieron ante los Lagartos de Tabasco, sin embargo tuvieron en sus filas al mejor anotador mexicano de la división, Alejandro Leyva quien jugabá cedido a préstamo por el Morelia de la Primera División, también se busco atraer a la gente con el argentino Emerson Panigutti que provenía del fútbol de Malasia y que había sido figura con el Deportivo Táchira de Venezuela en la Pre-Libertadores ante los equipos mexicanos, sin embargo el jugador nunca se adapto y se marcho del equipo para volver al fútbol venezolano.

Para el Clausura 2004 las cosas empezaron difíciles, con muchos problemas para encontrar a un cuarto extranjero, cuando se manejo la posibilidad de la llegada del argentino Ezequiel Petrovelli del Córdoba argentino y que nunca se presento por no tener pasaporte para entrar a México y así llego el también argentino Mauro Mesenguez que por una lesión no llegó ni siquiera a debutar. Aun así los Venados estaban confiados en mejorar, pero las cosas otra vez se pusieron difíciles para los ciervos, ya que bajo la dirección técnica del uruguayo Jorge Correa las cosas no estaban funcionando, por lo cual se decide su salida del club.

Con un sin fin de cosas adversas asume el timón de la nave el yucateco Alonso Diego Molina, en su primer partido contra Morelos, los Venados con todo en contra consiguen el triunfo con un marcador de 3-1 y en una hazaña lograron sumar tres victorias consecutivas después de vencer 0-1 al Tapatío en Guadalajara y derrotar al Tapachula por 2-1 en el Olímpico, que los colocaron en zona de calificación y cambiaron el panorama completamente, de la mano del artillero argentino Diego Olsina, y en una dramática última jornada los Venados califican a la liguilla como líderes del G-1.

Ya en la liguilla los Venados se enfrentarían al todo poderoso Celaya que como todos los torneos buscaba el ascenso al máximo circuito, las cosas empiezan bien y vencen a los Cajeteros por un marcador de 4-1 en el estadio "Carlos Iturralde Rivero, con una soberbia actuación del argentino Diego Olsina,"  la vuelta se pierde por 2-1 en el  "Miguel Alemán, en un partido dramático donde se llego a estar perdiendo por 2-0", ya en las semifinales se enfrentaron al súper favorito Dorados de Culiacán, con los cuales empatan a 1 en casa, con un polémico arbitraje de Hugo León Guajardo al marcar un dudoso penal en contra de los Venados, ya en tierras sinaloenses lo astados no consiguen el milagro y perecen por marcador de 2-0, sin embargo los resultados son mejores de los planeados y se demuestra que en el fútbol valen mas los hombres que los nombres dentro del terreno de juego, ya que con un plantel plagado jóvenes, los Venados llegan a la antesala por el título, ahora el camino ya esta marcado, los Venados son un equipo ganador y a nosotros la afición nos queda apoyarlos hasta el fina. ¡¡ Arriba los Venados del Mérida FC!.

Para el torneo de Clausura 2005 el equipo juega su última temporada en la primera división "A", esto debido ante el poco apoyo por parte del gobierno del estado en turno.

INICIA EL RETO

Mérida Futbol Club nace de la iniciativa de dos empresarios, Arturo y Mauricio Millet Reyes, de formar un proyecto futbolístico 100% yucateco, digno representante de su gente.

Un equipo ganador que cree en el esfuerzo, la pasión y la disciplina.

Así es como en el 2003, en la Hacienda Tamanché, ubicada sobre la carretera Mérida-Progreso, se empieza a desarrollar un Centro de Alto Rendimiento para formar a los jugadores del Mérida FC. En búsqueda de ser más que sólo un club de fútbol, el Mérida FC se ha propuesto ser una institución donde se desarrolle, de manera integral, el talento de mucho jóvenes para ser buenos futbolistas y excelentes ciudadanos.

Hoy, por hoy varios de nuestros jugadores ya han dado resultados en las ligas nacionales: Luis Omar Hernández, René Ruvalcaba, Alejandro Leyva y Diego Olsina.

El Mérida FC también invierte en talento en Segunda, Tercera y Cuarta División además de las categorías Benito Juárez (90-91), 92 y 93-94.

Para tener jugadores excelentes, el Club se ha esforzado por tener entrenadores excelentes. Por tal motivo, tiene un plantel de profesionales tanto nacionales como extranjeros en distintas áreas. Por ejemplo, el Presidente Deportivo es Alonso Diego, reconocido por la afición yucateca por haber sido parte del equipo Venados de Yucatán.

El éxito de Mérida FC no se limita a Yucatán. El club ha impulsado exitosamente la filial Argentina Mérida Fútbol Club Total. En esta filial se han formado a jugadores como Nicolás Mazzola y Germán Rica, quienes han representado a Argentina como seleccionados sub-17. Además de esta cartera, hemos creado a jugadores de la talla de Gastón Cellerino, quien es hoy por hoy una figura en el fútbol peruano.
Es así como el Mérida Futbol Club se alista para el reto de llegar a la Primera División Nacional. Con disciplina, esfuerzo y pasión lo vamos a lograr.  

LA IDENTIDAD DE MFC   

MISIÓN
El Mérida FC es un club deportivo que busca el desarrollo de deportistas con una alta calidad moral, disciplina y trabajo duro. Mediante Mérida FC, buscamos encontrar a los talentos deportivos yucatecos y del resto del país para pulir sus capacidades como ser humanos y atletas.

VISIÓN 2013

Tener un equipo en 1era. División A nacional competitivo, alimentado por nuestra cantera de jugadores

VALORES

Disciplina: Por disciplina entendemos la constancia al entrenar así como hacer sacrificios personales para un mejor desarrollo físico y mental del atleta.

Respeto: El respeto es entendido por el Mérida FC como el correcto trato personal y laboral entre todas las partes involucradas o no en el Mérida FC.

Integridad: Para el Mérida FC la palabra integridad quiere decir que todos sus miembros, ya sean directivos, jugadores, personal técnico y administrativo, son personas intachables tanto en lo deportivo como fuera de ello.